Если ОС восстанавливается за счет страхового возмещения, то затраты, произведенные за счет этого возмещения, увеличивают его первоначальную стоимость.
В письме от 15.10.2012 № 03-03-06/2/115 Минфин России рассмотрел следующую ситуацию. Организация заключила договор имущественного страхования объекта недвижимости. В результате стихийного бедствия этому объекту был причинен ущерб, который частично возместила страховая компания. Можно ли затраты на восстановление указанного имущества в пределах суммы страхового возмещения учесть в составе внереализационных расходов как потери от стихийных бедствий на основании пп. 6 п. 2 ст. 265 НК РФ?
Финансовое ведомство разъяснило, что данные затраты необходимо включить в первоначальную стоимость восстановленного объекта и учитывать их для целей налогообложения прибыли путем начисления амортизации. Основанием для этого является п. 2 ст. 257 НК РФ, согласно которому первоначальная стоимость основных средств изменяется в случаях достройки, дооборудования, реконструкции, модернизации и т.д.
Подробнее по этому вопросу см. Справочник "Налог на прибыль"