С 1 января 2016 года организации должны представлять в налоговые органы не только сведения о доходах каждого физического лица и суммах НДФЛ за истекший год (справки по форме 2-НДФЛ), но и расчет сумм НДФЛ, исчисленных и удержанных с доходов работников в целом по организации. Такой расчет должен представляться за первый квартал, полугодие, 9 месяцев и год.

Соответствующие изменения внесены в п. 2 ст. 230 НК РФ Федеральным законом от 02.05.2015 № 113-ФЗ. Указанным пунктом предусмотрены особенности представления сведений и расчета крупнейшими налогоплательщиками, имеющими обособленные подразделения. Данным пунктом установлено, что организации, отнесенные к категории крупнейших налогоплательщиков, сведения и расчеты (в том числе в отношении физлиц), получивших доходы от обособленных подразделений этих организаций, представляют в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика либо в налоговый орган по месту учета такого налогоплательщика по соответствующему обособленному подразделению (отдельно по каждому обособленному подразделению).

В письме от 02.09.2015 № 03-04-06/50652 Минфин России разъяснил порядок применения этой нормы в отношении представляемого расчета.

Финансовое ведомство отметило, что вышеуказанный порядок не предусматривает одновременного представления расчета в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика и в налоговый орган по месту учета организации по соответствующему обособленному подразделению вне зависимости от того, производятся ли указанные выплаты организацией или обособленным подразделением. Для представления расчета организация должна консолидировать данные по всем доходам, выплачиваемым работникам как самой организацией, так и ее обособленным подразделением, и передавать их либо в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика, либо в налоговый орган по месту учета такого налогоплательщика по соответствующему обособленному подразделению.