Сотруднику, находящемуся в командировке, необходимо выплатить его средний заработок. Начислять зарплату за дни командировки не нужно. Если размер среднего заработка окажется меньше, чем заработная плата сотрудника за период командировки, то работодатель может доплатить сотруднику разницу. Эта доплата предусматривается трудовым, коллективным договором или другими локальными нормативными актами.

О том, как в "1С:Зарплате и управлении персоналом 8" (ред. 3) и в "1С:Бухгалтерии 8" (ред. 3.0) начислить доплату до оклада во время командировки, читайте в новой статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":

• Начисление доплаты до оклада при командировке.