При возврате НДС, возмещенного ранее в заявительном порядке, придется уплатить штраф.
При заявительном порядке возмещения НДС инспекция осуществляет возврат или зачет налога до окончания проверки декларации. Правом на такой порядок возмещения могут воспользоваться плательщики, поименованные в п. 2 ст. 176.1 НК РФ.
Если по окончании камеральной проверки выяснится, что плательщик не имел права на возмещение НДС либо налог возмещен ему в большем размере, инспекция вправе привлечь к ответственности за налоговое правонарушение, а также отменить ранее вынесенное решение о возмещении НДС (п. 14, 15 ст. 176.1 НК РФ).
В такой ситуации налогоплательщик обязан вернуть излишне полученные (зачтенные) в заявительном порядке суммы вместе с начисленными на них процентами (п. 10, 17 ст. 176.1 НК РФ). Причем уплата процентов не освобождает плательщика от уплаты штрафа по ст. 122 НК РФ. Это отметил Верховный Суд РФ в постановлении от 24.05.2017 № 305-КГ16-21444.
Как указал ВС РФ, сумма НДС, излишне возмещенная инспекцией, признается недоимкой, которая возникла по причине неправомерных действий налогоплательщика, а за такое правонарушение налагается штраф по ст. 122 НК РФ.
Подробнее о заявительном порядке возмещения НДС см. справочник "Налог на добавленную стоимость".