В ходе проверки декларации по НДС налоговый орган может выявить противоречия или несоответствия между сведениями этой декларации и информацией, содержащейся в декларации по НДС, представленной другим лицом.

Если это обнаружится при проверке декларации по НДС за 3-й квартал 2016 года, налогоплательщику будут направлены по ТКС два требования о представлении пояснений: первое – относительно расхождений, выявленных по книге покупок и ее дополнительным листам (раздел 8 и 8.1 декларации), второе – по книге продаж и ее дополнительным листам (раздел 9 и 9.1 декларации).

Получив эти требования, налогоплательщик должен:

1. Передать налоговому органу по ТКС квитанцию о приеме каждого требования в течение 6 дней со дня их отправки налоговым органом. В противном случае счета организации в банке могут заблокировать (пп. 2 п. 3 ст. 76 НК РФ).
2. Представить пояснения по каждому требованию или подать уточненную декларацию в течение 5 дней. За непредставление каждого пояснения грозит штраф 5 000 рублей по п. 1 ст. 129.1 НК РФ.

Такие разъяснения дала ФНС России в письме от 07.11.2016 № ЕД-4-15/20890@.

Возможность представлять пояснения по требованию налогового органа реализована в программах 1С.

Подробнее см. "Представление пояснений по требованию налогового органа в программе "1С:Бухгалтерия 8".