Согласно п. 6 ст. 227.1 НК РФ общая сумма НДФЛ, исчисленная с доходов иностранных сотрудников, работающих в организации на основании патента, подлежит уменьшению на сумму фиксированных авансовых платежей, уплаченных ими за период действия патента применительно к соответствующему налоговому периоду. Уменьшение производится при условии, что налоговый агент получил от налогового органа уведомление о подтверждении права на такое уменьшение.

В письме от 10.03.2016 № БС-4-11/3920@ ФНС России разъяснила действия налогового агента, если заявление на подтверждение права на уменьшение НДФЛ подано в налоговый орган в одном налоговом периоде, а уведомление получено в другом налогом периоде.

Налоговое ведомство указало, что в такой ситуации организация вправе пересчитать НДФЛ за прошлый налоговый период, уменьшив сумму налога на сумму уплаченных фиксированных авансовых платежей. При этом излишне удержанные суммы НДФЛ организация должна вернуть иностранному работнику на основании его письменного заявления в порядке, установленном ст. 231 НК РФ.

В учетных решениях "1С:Предприятия 8" предусмотрена возможность перерасчета НДФЛ налоговым агентом.

Подробнее об НДФЛ с доходов иностранных граждан, работающих в РФ на основании патента, см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".