При выходе участнику выплачивается действительная стоимость доли, соответствующая части стоимости чистых активов общества, которая пропорциональна размеру его доли. Выплата действительной стоимости доли для организации не является расходом в бухгалтерском и налоговом учете.

О том, как в "1С:Бухгалтерии 8" (ред. 3.0) отразить выход физического лица из состава ООО (позиция общества, выплаченная действительная доля превышает первоначальную), читайте в новой статье "Справочника хозяйственных операций.1С:Бухгалтерия 8":

• Выход физического лица из состава ООО (позиция общества, выплаченная действительная доля превышает первоначальную).