НДС с оплаты простоя к вычету не принимается.
Это справедливо в отношении ситуации, когда оплата простоя по условиям договора является мерой ответственности заказчика работ (услуг). К данному выводу пришел АС Поволжского округа в постановлении от 12.12.2014 № Ф06-18029/2013. В споре, рассмотренном судом, организация-заказчик услуг не согласилась с отказом налогового органа в вычете по НДС по счетам-фактурам, предъявленным исполнителем на оплату времени простоя по вине заказчика. Проанализировав условия договора между сторонами, суд признал оплату простоя мерой гражданско-правовой ответственности за просрочку исполнения обязательств заказчиком. Суд указал, что суммы неустойки не являются оплатой услуг и не увеличивают базу по НДС по смыслу ст. 162 НК РФ. Поэтому организация-заказчик не вправе заявлять вычет НДС с оплаты простоя по своей вине.
О тенденции споров по данному вопросу см. статью-рекомендацию справочника "Налог на добавленную стоимость".