Налогоплательщик должен вести раздельный учет НДС по общехозяйственным расходам при совмещении внутренних и экспортных операций.
В письме от 31.10.2014 № ГД-4-3/22600@ представители ФНС России дали разъяснения относительно вычета НДС по общехозяйственным расходам при совершении экспортных операций.
Налоговое ведомство обратило внимание, что п. 3 ст. 172 НК РФ предусмотрен особый порядок применения налоговых вычетов по НДС в отношении операций, облагаемых по ставке 0 процентов. В частности, сумма "входного" НДС, относящаяся к подобным операциям, принимается к вычету на последнее число квартала, в котором собран полный пакет подтверждающих документов (п. 9 ст. 167 НК РФ).
Таким образом, если налогоплательщик совмещает операции по реализации товаров (работ, услуг), облагаемые НДС по ставкам 18 (10) процентов и по ставке 0 процентов, то он обязан вести раздельный учет сумм НДС по приобретенным товарам (работам, услугам), используемым для данных операций. При этом порядок ведения раздельного учета следует определить самостоятельно и закрепить в учетной политике (п. 10 ст. 165 НК РФ).
Подробнее о ведении раздельного учета при экспортных операциях см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".