С 1 октября 2014 года налогоплательщик может не составлять счета-фактуры по соглашению с контрагентом-неплательщиком НДС, а также налогоплательщиком, освобожденным от уплаты НДС по ст. 145, 145.1 НК РФ (пп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ, комментарий).

До настоящего момента не внесены соответствующие изменения в правила ведения книги продаж, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137. Поэтому неясно, какие именно документы продавец должен регистрировать в книге продаж, если совершает облагаемые НДС операции, но при этом не выставляет счета-фактуры по соглашению с партнером.

Минфин России рекомендует в таком случае отражать в книге продаж реквизиты счета-фактуры, составленного в одном экземпляре, либо первичных учетных документов, подтверждающих совершение операции (см. письмо Минфин России от 09.10.2014 № 03-07-11/50894).

Подробнее см. справочник "Налог на добавленную стоимость".