В письме от 21.01.2016 № 03-03-06/1/1997 Минфин России рассмотрел особенности исчисления НДС при списании морально устаревших товаров.

Специалисты ведомства отметили, что если при приобретении таких товаров НДС был принят к вычету, то в случае последующего списания товарно-материальных ценностей вычет налога нужно восстановить.

Минфин России объясняет это следующим. Согласно пп. 1 п. 2 ст. 171 НК РФ НДС, предъявленный при приобретении товаров (работ, услуг), принимается к вычету при условии использования данных товаров (работ, услуг) в операциях, облагаемых НДС. В частности, объектом обложения НДС является реализация товаров (работ, услуг) на территории России (пп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ).
Но выбытие товарно-материальных ценностей по причинам, не связанным реализацией, не относится к объекту обложения НДС. Одним из примеров такого выбытия является списание морально устаревших товаров. Поэтому в данной ситуации, по мнению ведомства, сумму принятого к вычету НДС необходимо восстановить.

Минфин России неоднократно высказывал данную точку зрения (см. письма от 04.07.2011 № 03-03-06/1/387, от 07.06.2011 № 03-03-06/1/332). Однако позицию контролирующих органов не разделяют суды. Подробнее об этом см. статью-рекомендацию справочника "Налог на добавленную стоимость".