Верховный Суд РФ в определении от 31.10.2017 № 305-КГ17-5672 пришел к следующему выводу.

ФНС России на основании п. 3 ст. 31 НК РФ вправе отменить решение нижестоящего налогового органа (в порядке контроля за его деятельностью), если выявит, что оно было принято незаконно, независимо от:

• вида проверки, по итогам которой такое решение было принято (камеральная или выездная);
• наличия или отсутствия жалобы налогоплательщика на действия нижестоящего налогового органа.

Таким образом, может быть отменено решение, которое вынесено в пользу налогоплательщика. Так, в споре, рассмотренном ВС РФ, налоговая служба в порядке контроля за деятельностью Управления ФНС России признала неправомерным решение о возмещении НДС.

При этом ВС РФ заметил, что ФНС России по указанному основанию вправе пересмотреть итоги "камералки", только если с момента окончания периода, охваченного камеральной проверкой, не истекли три года. В этом случае суд проводит аналогию с порядком проведения повторной выездной проверки, т.к. для нее предусмотрены такие же временные ограничения (п. 4, 10 ст. 89 НК РФ).

На перечисленные выводы ВС РФ специалисты налоговой службы ссылаются в обзоре судебной практики (утв. ФНС России от 23.01.2018). Следовательно, чиновники разделяют позицию суда по данному вопросу.