Задержание сотрудника и заключение его под стражу не является основанием для расторжения с ним трудового договора. Арест не относится к неуважительным причинам отсутствия сотрудника на рабочем месте, так как в данном случае от его воли, желания или нежелания исполнять свои трудовые обязанности ничего не зависит. В период заключения сотрудника под стражу заработная плата ему не начисляется и не выплачивается, так как он не выполняет свои трудовые обязанности. Весь период отсутствия работника на работе необходимо зафиксировать в табеле учета рабочего времени. Оформить отсутствие сотрудника на работе в связи с арестом можно простоем по вине работника. См. подробнее здесь.
Также можно оформить приказ об отстранении сотрудника от работы в произвольной форме, если в решении суда указано о временном отстранении от работы.
При желании работодатель может ввести дополнительный код, обозначающий отсутствие сотрудника по причине ареста, эти дополнения должны быть оформлены соответствующим приказом.
О том, как зарегистрировать такое отсутствие сотрудника в "1С:Зарплате и управлении персоналом 8" (ред. 3) и в "1С:Бухгалтерии 8" (ред. 3.0), читайте в актуализированной статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":