Госпошлина, уплаченная при подаче искового заявления в арбитражный суд, в бухгалтерском учете включается в состав прочих расходов.
В целях налога на прибыль она может быть отнесена к прочим расходам, связанным с производством и реализацией, как федеральный сбор или к внереализационным расходам как судебные расходы.
О том, как в программе "1С:Бухгалтерия 8" отразить уплату и включение в расходы госпошлины при подаче искового заявления в арбитражный суд, см. в обновленной статье "Справочника хозяйственных операций. 1С:Бухгалтерия 8":