Некоторые налогоплательщики реализуют товары, работы и услуги по государственным регулируемым или льготным ценам. В таком случае у продавца возникает убыток, покрыть который призвана бюджетная субсидия на возмещение затрат производства или на компенсацию недополученных доходов. Полученные продавцом субсидии не включаются в налоговую базу по НДС (п. 2 ст. 154 НК РФ).

Такой налогоплательщик может заявить к вычету налог по тем товарам, работам или услугам, которые использовались в этих операциях, ведь в НК РФ нет ограничений для применения вычета налогоплательщиком, реализующим товары, работы или услуги за счет бюджетных средств. Вывод содержится в письме Минфина России от 19.12.2017 № 03-07-11/84808.

Однако иначе складывается ситуация, когда товары, работы или услуги приобретаются за счет субсидий или бюджетных инвестиций. Вычет НДС по ним невозможен. Это положение закреплено в п. 2.1 ст. 170 НК РФ с 01.01.2018. Кроме того, если товары, работы или услуги приобретены за счет средств организации, а позже затраты на них возмещены за счет бюджетных субсидий, то принятый к вычету НДС по ним необходимо восстановить по пп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ.

Подробнее об обложении НДС полученных субсидий читайте в справочнике "Налог на добавленную стоимость".